Po wybuchu II wojny światowej w 1939, kampanii wrześniowej i agresji ZSRR na Polskę oraz nastaniu okupacji sowieckiej nadal przebywał we Lwowie. We wrześniu 1939 przyjął do swego domu synów Juliusza i Bronisława. Po ataku Niemiec na ZSRR z 22 czerwca 1941 witał wkraczające do Lwowa oddziały z radością i nadzieją. Po nastaniu okupacji niemieckiej sytuacja rodziny Bardachów diametralnie się zmieniła z powodu ich żydowskich korzeni. Zostali objęci obowiązkiem noszenia na ramieniu opaski z Gwiazdą Dawida. Jego mieszkania naszli oficerowie Waffen-SS, którzy – mimo życzliwego przyjęcia z jego strony – pobili go za żydowskie pochodzenie i zniszczyli przechowywane z pieczołowitością od lat w domowej gablocie wojskowe ordery i insygnia z czasów austriackich. W późniejszym czasie pozostał w mieście, aczkolwiek był zmuszony wraz z żoną opuścić swoje mieszkanie, oboje żyli w ukryciu, zaś utrzymywali się z handlu złotem i biżuterią. Wobec prowadzenia przez okupantów akcji ujęcia Żydów z ulicy miasta i wywożenia ich do obozu zagłady przenieśli się do kryjówki w komórce nad garażem przy kwaterze Gestapo, gdzie przebywali przez wiele dni. Potem Bardachowie przenieśli się do rzekomo bezpieczniejszego schronienia, skąd zostali usunięci i wywiezieni ciężarówkami do obozu.