W czasie wojny w Bośni i Hercegowinie, toczącej się w latach 1992–1995, świątynia została ograbiona i znacznie zniszczona. Po zakończeniu wojny przystąpiono do odbudowy i ponownego poświęcenia cerkwi.
Opis świątyni Cerkiew jest zbudowana na planie koła, w stylu bizantyńskim. Do jej budowy wykorzystano biały wapień. Wnętrze świątyni zostało urządzone na planie krzyża: od strony wschodniej znajduje się przestrzeń ołtarzowa z ikonostasem, po stronie północnej i zachodniej usytuowano drzwi, natomiast od strony południowej zaplanowano wnękę.
Freski i ikony wewnątrz świątyni zostały namalowane przez czarnogórskiego malarza Jovana Zonjicia.
Ikonostas wraz z ołtarzem został wykonany z kamienia wydobywanego na wyspie Brač, natomiast świeczniki oraz duży żyrandol – z kutego żelaza. Wokół krawędzi tego żyrandola znajduje się wypisana modlitwa „Ojcze nasz”.
Ataki na świątynię Położenie prawosławnych w stolicy Bośni znacznie się skomplikowało w wyniku zmian w składzie narodowościowym miasta. Przed wojną 1992–1995 w Sarajewie mieszkało 167 tysięcy Serbów, natomiast do 2009 zostało ich mniej niż 7 tysięcy.
W latach 2000–2016 odnotowano ponad 40 aktów wandalizmu wymierzonych w cerkiew Przemienienia Pańskiego w Sarajewie.
W 2009 r.