22 maja 1920 został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu pułkownika piechoty, w grupie oficerów byłej armii austriacko-węgierskiej. Pełnił wówczas służbę w Dowództwie Okręgu Generalnego Kraków. 3 maja 1922 został zweryfikowany w stopniu pułkownika ze starszeństwem z 1 czerwca 1919 i 3. lokatą w korpusie oficerów kontrolerów. 16 lipca 1922 w Katowicach był jednym z uczestników uroczystości, którzy podpisali akt objęcia Górnego Śląska przez Polskę.
Z dniem 31 października 1923 został przeniesiony w stan spoczynku, w stopniu tytularnego generała brygady. Na emeryturze mieszkał w Krakowie.
Zmarł 11 września 1943 w Krakowie. Został pochowany w grobie rodzinnym na cmentarzu Rakowickim (kwatera D-wsch.-10)..
Był żonaty z Matyldą z Lazarewiczów (ok. 1862–1949), z którą miał syna Stanisława (1903–1938), porucznika piechoty Wojska Polskiego i dwie córki: Marię (1895–1941), zamężną z Kazimierzem Plucińskim i Zofię (1899–1980), po mężu Santarius.
W latach 1919–1920 Stanisław Ignacy Witkiewicz sportretował Stanisława Niklasa, jego żonę i córki, prawdopodobnie w rewanżu za gościnę w Krakowie..