Fragmentacja rzek polega na zaburzeniu ciągłości podłużnej rzeki przez budowle hydrotechniczne, takie jak zapory, jazy, progi, stopnie wodne, rampy kamienne, ale także przez naturalne wodospady, tamy bobrowe i ruchy masowe. Obiekty te, nazywane barierami, oddzielają jedną część rzeki od drugiej, co skutkuje uniemożliwieniem migracji organizmów wodnych które nie są w stanie obejść dookoła, przeskoczyć, czy przelecieć nad barierą i częściowym lub całkowitym uniemożliwieniem transportu materiału w rzece. Zatrzymanie transportu rumowiska skutkuje efektem głodnej wody, zmieniając skład osadów rzecznych i charakterystykę erozji rzecznej. Bariery mają również wpływ na poziom wód podziemnych w dolinie rzeki - powyżej bariery jest on podwyższony, poniżej - obniżony.
Fragmentacja przez naturalne bariery Jednym z rodzajów fragmentacji rzek, jest fragmentacja przez bariery naturalne. Dotyczy przede wszystkim górnych biegów rzek, a więc rzek bardzo małych. Są częścią ekosystemów. Mogą to być: