Pracował jednak nadal w Bibliotece jako kierownik Oddziału Zbiorów Specjalnych, a później Oddziału Zbiorów Muzycznych na stanowisku kustosza (1949) a następnie starszego kustosza dyplomowanego (1962) do przejścia na emeryturę 1 lutego 1970 r.
19 lutego 1990 r. odbyła się na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika uroczystość odnowienia doktoratu Stefana Burhardta. Zmarł 6 grudnia 1991 r. i pochowany został na cmentarzu św. Jerzego w Toruniu. Był żonaty z Haliną Marią Rudzką (prawnuczką Adama Benedykta Jochera), miał z nią córkę Teresę.
Działalność społeczna Zarówno w okresie wileńskim jak i po wojnie działał S. Burhardt w wielu organizacjach społecznych. W Wilnie, w latach szkolnych należał do harcerstwa, w czasie studiów udzielał się w korporacji akademickiej Polonia. Od 1927 r. był aktywnym członkiem Wileńskiego Koła Związku Bibliotekarzy Polskich. Pełnił funkcje: wiceprezesa, sekretarza oraz przewodniczącego Zarządu Kasy Samopomocy, na zebraniach koła wygłaszał referaty. W latach 1924–1939 był prezesem Związku (późnej Towarzystwa) Filatelistów i Numizmatyków w Wilnie, a po wojnie od 1946 r. członkiem Związku Filatelistów w Toruniu. Był założycielem i członkiem Zarządu Towarzystwa Przyjaciół Biblioteki im. Wróblewskich w Wilnie (1936-1939). Jako ppor.