We wrześniu 1939 roku była używana do transportu żołnierzy rannych podczas obrony Helu do Gdyni, a 12 września została przejęta przez Niemców.
Podczas II wojny światowej pod nazwą „Stegen” była używana przez Niemców podczas przebudowy portu dla celów wojennych. Pomieszczenie dla chorych przebudowano wtedy na kabinę mieszkalną. W 1944 roku została prawdopodobnie zatopiona przez lotnictwo alianckie podczas nalotu na port w Gdyni. Według innej wersji została odnaleziona na jednym z nabrzeży jako zdewastowany wrak.
Po wojnie wrak „Samarytanki” nie został odbudowany. Po przeniesieniu wraku na teren warsztatów portowych, został on przekazany Morskiemu Urzędowi Zdrowia, który zlecił opracowanie planów remontu i odbudowy jednostki. Na początku lat 60. wrak został wykupiony od Wydziału Zdrowia Wojewódzkiej Rady Narodowej przez Klub Płetwonurków „Nemo", który planował odbudować go jako bazę dla płetwonurków. W tym celu przeniesiono go na teren Portu Wojennego, lecz po tym sama inicjatywa wygasła.