Gracze mogą ulepszać swoją bazę, budując pozycje obronne, zaawansowane stanowiska rzemieślnicze, farmy, klatki dla zwierząt i zbiorniki wody deszczowej. Innych ocalałych można przyjąć do bazy i włączyć do personelu pomocniczego. Z bazy może również wyruszyć zespół eksploracyjny wysłany w celu automatycznego pozyskiwania zasobów. Gracze mogą wywołać segment Tower Defense w bazie, co pozwoli im bronić się przed atakami i zdobywać nagrody. W grze można kupować „Survive Coins”, które mogą zostać wykorzystane do odblokowania różnych funkcji, takich jak: wzmacniacz zasobów, obrońca bazy, emotikony, dodatkowe zespoły eksploracyjne i dodatkowe miejsca na wyposażenie poza początkowymi czterema. Podczas gry można odblokować miejsca na postacie, które działają jako tryb Nowa gra Plus. "Survive Coins" można zdobywać jako nagrody w grze i premie za logowanie.
Rozwój Metal Gear Survive został ogłoszony 16 sierpnia 2016 roku podczas Gamescom 2016. Prace nad grą zostały zasugerowane 17 grudnia 2015 roku, kiedy Konami rozpoczęło rekrutację na nowy zespół programistów Metal Gear.