Prawdopodobnie w latach 1778–1784 w Lipnikach powstała pierwsza drewniana kaplica.
Pierwsze nieskuteczne próby utworzenia samodzielnej parafii podjęto w 1808. Władze świeckie i duchowne zajęły się na nowo sprawą w 1820. Naddzierżawca ekonomii nowogrodzkiej Rowicki wystosował wtedy pismo do Komisji Województwa Augustowskiego, w którym zgłaszał chęć pomocy w sprowadzeniu do Lipnik księdza. Propoował przeznaczenie budynków z likwidowanego wójtostwa lipnickiego na utrzymanie kapłana. 30 czerwca 1824 oddelegowani ze strony kościelnej i świeckiej uczestnicy spotkania w Lipnikach debatowali nad możliwym źródłem utrzymania księdza (znów pojawiła się propozycja przekazania budynków wójtostwa), koniecznością dostosowania kościelnego podziału administracyjnego do państwowego i po raz pierwszy nad zasięgiem terytorialnym planowanej parafii. Dyskutowano o wydzieleniu z parafii Kadzidło wsi: Baba, Brzozowa, Czarnia, Lipniki, Plewki, Szafranki, Tartak, Złota Góra, z parafii Myszyniec: Dawia, z parafii Nowogród: Gawrychy, Kuzie, Popiołki, Wyk. Mieszkańcy wiosek podlegających pod parafię w Nowogrodzie odmówili zmiany parafii. W 1834 Komisja Rządowa Przychodów i Skarbu odmówiła bezpłatnego przekazania wójtostwa na rzecz mającego zjawić się w Lipnikach księdza.