Modyfikacje mają przede wszystkim na celu: zwiększenie odporności na herbicydy i szkodniki zwiększenie odporności na infekcje wirusowe, bakteryjne i grzybicze zwiększenie tolerancji na stres abiotyczny (głównie zmiany klimatyczne) przedłużenie trwałości owoców poprawę składu kwasów tłuszczowych oraz aminokwasów białek unormowanie stężenia fitoestrogenów zwiększenie zawartości suchej masy zmianę zawartości węglowodanów, karotenoidów i witamin usunięcie składników przeciwżywieniowych – toksyn, związków utrudniających przyswajanie składników odżywczych oraz związków, które podczas obróbki kulinarnej ulegają reakcjom chemicznym, wytwarzając toksyny. Modyfikacje te zwiększają np. zawartość nutraceutyków, czyli substancji niezbędnych dla zdrowia.
Na świecie najczęściej modyfikowanymi roślinami są: kukurydza, pomidory, soja zwyczajna, ziemniaki, bawełna, melony, tytoń. W Europie najczęściej modyfikuje się: kukurydzę, rzepak, buraki cukrowe.
Przykłady organizmów transgenicznych w rolnictwie: transgeniczne pomidory o przedłużonej trwałości (obecnie nie ma dostępnych na rynku) transgeniczne rośliny tytoniu, odporne na herbicydy soja transgeniczna odporna na działanie glifosatu.