Natomiast w Majdanku jego rządy (jako czwartego z kolei komendanta obozu) nie odbiegały zbytnio od zbrodniczych rządów innych komendantów obozów koncentracyjnych. Wzrosła liczba dokonywanych egzekucji i nadal funkcjonowały komory gazowe. Weiss był także współodpowiedzialny za śmierć kilku tysięcy ciężko chorych więźniów, skierowanych do Majdanka między grudniem 1943 a styczniem 1944 roku z obozów z obszaru III Rzeszy. Umieszczono ich w prymitywnych barakach, bez pożywienia i instalacji sanitarnych. Rezultatem była śmierć niemal wszystkich więźniów. Ponadto podczas częściowej ewakuacji Majdanka w kwietniu 1944 zginęło wielu więźniów, za co również odpowiedzialność ponosił Weiss.
Po odwołaniu z Majdanka był jeszcze ostatnim, legalnym komendantem Dachau. Pełnił także funkcję inspektora wszystkich miejscowych obozów. W kwietniu 1945 roku nie wykonał rozkazu Himmlera o zniszczeniu podległych mu obozów. Po wojnie był głównym oskarżonym w procesie załogi Dachau przed amerykańskim Trybunałem Wojskowym.