Po przeniesieniu obrzędów do nowo wybudowanego kościoła, staremu groziło zniszczenie. W 2001 roku ze środków Generalnego Konserwatora Zabytków wykonano elewację na części romańskiej. W 2006 powstał Społeczny Komitet Ratowania Zabytkowego Zespołu Romańskiego Kościoła w Dziekanowicach. W 2007 roku dzięki finansowemu wsparciu Urzędu Marszałkowskiego Województwa Małopolskiego oraz Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków przeprowadzono remont i konserwację dachu, wieży oraz walącego się zabytkowego muru okalającego kościół. W następnych latach, dzięki dotacji z Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego, wymieniono posadzkę w najstarszej części budynku.

Architektura Obiekt późnoromański, murowany, orientowany, jednonawowy. Duże ciosy piaskowca – z którego zbudowana jest romańska część – pochodzą prawdopodobnie z kamieniołomu, który znajdował się na urwistym brzegu doliny Raby naprzeciw Dobczyc. Na ciosach kamiennych widoczne znaki kamieniarskie. Romańskie prezbiterium nakryte sklepieniem krzyżowym z widocznymi wspornikami. Na jego wschodniej ścianie zachowało się półkoliste okienko obramowane trójlistnie. Na kościele znajduje się sygnaturka pochodząca z 1640 roku.