Jana, przed 1940 rokiem|lewoWiosną 1998, podczas remontu zwieńczenia wieży, odkryto zbiór dokumentów i monet wraz z listem pastora kościoła, z datą 17 sierpnia 1893, umieszczonych w metalowej kuli. Odkryte przedmioty przekazano do Muzeum Miejskiego przy Rynku Staromiejskim, a ich miejsce zajęły informacje o współczesnym Stargardzie oraz przesłanie do przyszłych pokoleń.
Po objęciu Stargardu przez władze polskie w 1945, kościół został początkowo przejęty na własność państwa, ale już 12 września 1945 r. Państwowy Urząd Repatriacyjny przekazał go w użytkowanie Kościołowi rzymskiemu. Pieczę nad kościołem objęli księża z Towarzystwa Chrystusowego dla Polonii Zagranicznej, którzy przystąpili do sukcesywnej renowacji i urządzania.
Najpierw naprawiono dach i usunięto dwa pociski artyleryjskie, które tkwiły w wieży. W 1946 przebito ścianę w wieży od strony zachodniej, a tym samym utworzono nowe główne wejście. W 1954 przeszklono okna i wykonano ponowny remont dachu. Zużytą posadzkę ceglaną wymieniono w 1957 na marmurową. Podczas tych prac znaleziono ukryte w starym kanale grzewczym 3 kielichy, dzbanek i 2 srebrne lichtarze. W nawie głównej natrafiono na trumny, które nienaruszone przykryto gruzem i betonem. Ponadto naprawiono dwa dzwony.