78% powierzchni Parku przypada na lasy, które w dużym stopniu zachowały charakter naturalny. Jest to las monumentalny zbliżony do południowej tajgi z dużą liczbą starych i potężnych drzew. Dominują bory sosnowe i sosnowo-świerkowe. W północnej i południowej części Puszczy występują grądy, a wzdłuż dolin rzek i strumieni rosną łęgi jesionowo-olszowe i olsy.
Grunty orne zajmują 13% powierzchni Parku, łąki i pastwiska 7%, inne tereny (zabudowa, drogi, wody) 2%.
Flora W parku rosną 843 gatunki roślin naczyniowych, m.in.: pióropusznik strusi (Matteucia struthiopteris) czosnek niedźwiedzi (Allium ursinum L.) chamedafne północna (Chamaedaphne calyculata) fiołek torfowy (Viola epipsila) wierzba borówkolistna (Salix myrtilloides) wątlik błotny (Hammarbya paludosa) brzoza niska (Betula humilis), wierzba lapońska (Salix Lapponum) goździk pyszny (Dianthus superbus) rosiczka okrągłolistna (Drosera rotundifolia) stoplamek plamisty (Dactylorhiza maculata) żłobik koralowaty (Corallorhiza trifida) turówka leśna (Hierochloë australis) żurawina drobnoowocowa (Vaccinium microcarpum) konietlica syberyjska (Trisetum sibiricum) bażyna czarna (Empetrum nigrum) gnidosz błotny (Pedicularis palustris) dziewięćsił bezłodygowy (Carlina acaulis)