Trzecią eliminacją sezonu 2006 było Grand Prix Australii. Sobotnie kwalifikacje wygrał Jenson Button przed dwójką Renault – Fisichellą i Alonso. Zarówno Albers, jak i Monteiro po raz kolejny nie wywalczyli dobrego czasu, co pozwoliło im na start z dalszych miejsc. Wyścig na Albert Park Circuit obfitował w wiele wypadków, co powodowało częste wyjazdy na tor samochodu bezpieczeństwa. Uliczny tor w Melbourne nie okazał się szczęśliwy dla Tiago Monteiro – po 39. okrążeniach musiał wycofać się z rywalizacji z powodu usterki mechanicznej. Holender natomiast ukończył wyścig na 11. pozycji. Zwyciężył Alonso przed Kimim Räikkönenem z McLarena i Ralfem Schumacherem z Toyoty. Po tym wyścigu Midland oraz Super Aguri domagały się od FIA wykluczenia zespołu Scuderia Toro Rosso z klasyfikacji konstruktorów z powodu stosowania nieregulaminowego ich zdaniem silnika. Protest ten nie został jednak uwzględniony.

6 kwietnia ogłoszono, iż dotychczasowy dyrektor sportowy, Adrian Burgess zostaje zwolniony. Oficjalnym powodem odejścia była planowana restrukturyzacja w zespole z Silverstone.