Wśród przyczyn tego rodzaju schorzenia wymienia się: przyczyny idiopatyczne (niealergiczny nieżyt nosa z eozynofilią) zawodowe (mogą być alergiczne) hormonalne (w niedoczynności tarczycy, w ciąży, w trakcie terapii antykoncepcyjnej) polekowe (doustne środki antykoncepcyjne, leki hipotensyjne, aspiryna, niesteroidowe leki przeciwzapalne) tak zwane odruchowe (w tym chemiczne, pokarmowe, emocjonalne) pierwotna dyskineza rzęsek (zespół dyskinezy rzęsek).
Nierzadko spotyka się również tak zwany smakowy nieżyt nosa: wyciek wodnistej wydzieliny z nosa wywoływany przez gorące lub ostro przyprawione potrawy. W większości przypadków przewlekłego nieinfekcyjnego niealergicznego nieżytu nosa przyczyna choroby jest nieznana i uznaje się ją za idiopatyczną. Ten rodzaj kataru zwykle nie występuje też w określonej porze roku. Choroba jest często określana jako całoroczny niealergiczny nieżyt nosa.