Choroba została po raz pierwszy rozpoznana w 1998 przez zespół naukowców z Wydziału Leczniczego Uniwersytetu Malajskiego podczas trwania ogniska NiV w Malezji. Większość chorych została przewieziona do szpitala uniwersyteckiego z uczelni, z której pochodzili naukowcy. Wirus został wyizolowany i zidentyfikowany w 1999. Nazwę swoją zaczerpnął z malezyjskiej wsi, Songami Nipah. Świnie również mogą się zakazić, co skutkowało wybiciem milionów sztuk przez malezyjskie władze w 1999, aby zatrzymać rozprzestrzenianie się wirusa, skutecznie ograniczyło to jego rozpowszechnianie. Początkowymi objawami są gorączka, ból głowy i senność, po których następuje dezorientacja psychiczna.
Objawy Objawy pojawiają się od 5 do 14 dni po zakażeniu. Mogą również występować problemy z oddychaniem. Śpiączka może nastąpić w ciągu 24 do 48 godzin. Zapalenie mózgu jest potencjalnie najgroźniejszym powikłaniem choroby. Osoby z problemami oddechowymi oraz powyżej 45 roku życia częściej zarażają, niż osoby z normalnym oddechem oraz młodsze.