Zakażenie przez nietoperze może być spowodowane piciem surowego soku palmowego skażonego odchodami nietoperzy, jedzeniem owoców przez nich nadgryzionych, czy piciem zainfekowanej wody. Nietoperze piją soki palmowe z otwartych pojemników czasami oddając tam swój mocz, co powoduje skażenie soku. Przejście na pojemniki ze szczelną pokrywką zapobiega transmisji tą drogą. Ogniska mogą zostać zmniejszone poprzez świadomość zamieszkujących rejony wystąpienia ogniska oraz nadzór odpowiednich organów. Związek choroby z cyklem rozrodczym nietoperzy nie jest dobrze zbadany.
Standardowe praktyki kontroli zakażeń mogą chronić przed zakażeniami szpitalnymi z człowieka na człowieka.
Stwierdzono, że szczepionka podjednostkowa wykorzystująca białko Hendra G wytwarza przeciwciała chroniące krzyżowo zarówno przeciwko henipawirusowi, jak i nipawirusowi; był on stosowany u małp w celu ochrony przed wirusem Hendra, chociaż nie badano jego możliwości stosowania u ludzi.