Około 60% powierzchni kraju pokrywają góry, a większość z ponad 128-milionowej populacji zamieszkuje gęsto zaludnione obszary wielkich metropolii.
Dzięki rozpoczętemu w roku 1964 programowi budowy kolei dużych prędkości (Shinkansen) udało się stworzyć realną alternatywę dla transportu lotniczego w połączeniach międzymiastowych. Transport kolejowy w porównaniu do innych rodzajów transportu pozostaje w Japonii szczególnie atrakcyjny na dystansach między 500 a 750 km, obsługując w tym segmencie niemal 70% całości transportu pasażerskiego.
Obecna struktura kolei japońskich jest wynikiem procesu prywatyzacji. Decyzja podjęta została w drugiej połowie lat 80., a sam proces zapoczątkowany w roku 1987. Powodem przekształcenia istniejących od roku 1949, narodowych kolei japońskich (JNR – Japan National Railway) było rosnące od lat 60. zadłużenie, które w momencie rozpoczęcia przekształceń sięgnęło kwoty około 300 miliardów dolarów – dla całej grupy i spółek zależnych. W momencie prywatyzacji koleje narodowe były dominującym podmiotem na rynku połączeń międzyregionalnych/dalekodystansowych. W zakresie połączeń lokalnych i sieci dojazdowej działalność kolei narodowych uzupełniana była przez dużą grupę firm prywatnych.