Miasto zabudowane było jednak głównie niewielkimi, drewnianymi domami; w 1787 było ich 151.
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793 miasto zostało włączone do Królestwa Prus i znalazło się w departamencie kaliskim prowincji Prusy Południowe. Jednocześnie Lutomiersk uzyskał rangę miasta powiatowego, jednak już w 1796 ze względu na brak lokali dla instytucji publicznych powiat lutomierski rozwiązano. W 1793 klasztor strawił pożar, lecz po trzech latach gmach został odbudowany przez lutomierskich Wężyków.
W 1797 kolejny pożar strawił połowę głównie drewnianej zabudowy Lutomierska. W 1807 miasto znalazło się w Księstwie Warszawskim, a w 1815 weszło w skład podległego Rosji Królestwa Polskiego. Miasto ominął dynamiczny rozwój przemysłu tekstylnego w regionie łódzkim, zaś na jego przyszłym rozwoju szczególnie negatywnie zaciążyło powstanie konkurencyjnego ośrodka miejskiego w odległym o 8,5 km Konstantynowie Łódzkim.
Reformaci z Lutomierska odegrali aktywną rolę w okresie powstania styczniowego, czynnie wspierając powstańców. W 1963 upamiętniono to tablicą odsłoniętą w kruchcie kościoła. W 1864 władze rosyjskie skasowały klasztor, zaś zakonników wywieziono do Warty. Kościół przez długie lata był zamknięty.