wcześniej, od 1994 roku klasyfikowany był jako gatunek narażony (VU, Vulnerable), a od 1988 jako gatunek bliski zagrożenia (NT, Near Threatened). Liczebność populacji szacuje się na około 1200 dorosłych osobników. Trend liczebności populacji uznawany jest za spadkowy. Do największych zagrożeń dla gatunku należą: negatywny wpływ El Niño na populacje ryb ławicowych, zaplątywanie się w rybackie sieci, zanieczyszczenie wód wyciekami olejowymi, drapieżnictwo introdukowanych ssaków, takich jak szczury, koty czy psy, roznoszenie chorób (np. ptasiej malarii) przez zawleczone na wyspy komary.: W latach 1982–83 i 1997-98 dwa silne zjawiska El Niño spowodowały spadek populacji pingwinów odpowiednio o 77% i 65%. Ponadto w latach 1965-66, 1968-69, 1972-73, 1976, 1986-87, 1991-92 i 1993 wystąpiły stosunkowo słabe zjawiska El Niño, które wiązały się z powolnym odbudowywaniem populacji. Z kolei podczas zjawisk La Niña, kiedy temperatury powierzchni morza są niższe niż normalnie, a wzorce klimatyczne ulegają zmianie, populacje pingwinów z Galapagos zaczynają się odbudowywać. Wykazano, że antropogeniczne zmiany klimatu zwiększają częstotliwość i intensywność zjawisk El Niño ponad poziom naturalnej zmienności, co negatywnie wpływa na gatunek.