W czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939 roku kościół nie uległ większym zniszczeniom. 15 września 1939 Adolf Hitler z dominującej nad okolicą kościelnej wieży obserwował broniącą się Warszawę. Najtrudniejsze chwile przyszły w czasie powstania warszawskiego i po jego zakończeniu. Niemcy ostrzeliwali świątynię ciężkimi pociskami, które poważnie uszkodziły wieżę i cały kościół. Największe spustoszenie spowodowały bombardowania w listopadzie 1944 roku. Na życzenie władz zakonnych, celem ocalenia sióstr i okolicznych mieszkańców, w dniu 28 listopada 1944 roku saperzy polscy wysadzili wieżę, która spadając na lewą część świątyni spowodowała kolosalne straty. Zniszczeniu uległa zachodnia część przybudówki wieży. Na skutek bombardowań zniszczeniu uległ wschodni transept i dach świątyni. Zniszczenia były tak poważne, że zastanawiano się nad budową kościoła od nowa, jednakże siostra Pia, ówczesna matka generalna, podjęła odważną decyzję o odbudowie kościoła. Od listopada 1944 do 1949 roku były naprawiane uszkodzone mury, okna, posadzka i dach kościoła, zostały skompletowane brakujące elementy wyposażenia, zostały zawieszone stacje Drogi Krzyżowej autorstwa Ludwika Lisowskiego, malarza z Krakowa, ucznia Józefa Mehoffera. W listopadzie 1949 roku został ukończony główny ołtarz, pracami artystycznymi kierował br.