Ponieważ podlegał bezpośrednio biskupowi, jako jeden z niewielu kościołów parafialnych pozostał w dobie reformacji w ręku katolików i przetrwał do początku XIX wieku.
20 grudnia 1806 leżący na bezpośrednim przedpolu obleganej przez napoleońskie wojska twierdzy, kościół uległ niemal całkowitemu zniszczeniu (wedle jednych źródeł na skutek ostrzału, według innych został celowo zniszczony przez broniące miasta wojska pruskie). Zachowane prezbiterium było prowizorycznie wykorzystywane jako kaplica, a parafianie korzystali z pojoannickiego kościoła Bożego CiałaZygmunt Antkowiak, Stare i nowe osiedla Wrocławia, Zakład Narodowy im. Ossolińskich, 1973.
24 listopada 1870 rozpoczęto budowę nowego neogotyckiego kościoła, który został konsekrowany 24 września 1883. Jednonawowy kościół posiadał krótki transept, trzy przęsła nawy, zamknięte trójbocznie krótkie prezbiterium i sklepienia krzyżowo-żebrowe (na skrzyżowaniu naw gwiaździste) oraz sygnaturkę. Na osi nawy, być może w nawiązaniu do formy poprzedniego kościoła, powstała smukła wieża nakryta stożkowym hełmem.