Wyczerpany pracą i gruźlicą, której nabawił się w Italii, zmarł w 42. roku życia.

Jest patronem tramwaju Pesa Swing 120NaG SWING Gdańskich Autobusów i Tramwajów o numerze bocznym 1030. W okresie Wolnego Miasta Gdańska imię Clüvera (Clüverstraße) nosiła obecna ulica Jana Dantyszka w Gdańsku-Aniołkach.

Spuścizna naukowa thumb|Jedna z map wchodzących w skład dzieła Clüvera Italia antiqua, Lugduni Batavorum, Elsevier, 1624 Pierwsza praca Clüvera, Comentarius de tribus Rheni alveis et ostiis (Opis trzech odcinków ujściowych, a także brzegów Renu), wydana 1611 w Lejdzie, opisywała starożytną Holandię i pięć niegdyś ją zamieszkujących narodów. Rozgłos i uznanie przyniosło mu obszerne dzieło Germania antiqua, wydane w 1616. Był to opis starożytnej Germanii, pierwsze tego rodzaju opracowanie w nauce. Miał to być w zamyśle komentarz do dzieła Tacyta De origine et situ Germanorum, jednak Clüver omówił w nim nie tylko zagadnienia topograficzne, ale też porównał przekazy starożytne z własnymi obserwacjami;