W 2006 roku Filipović osiągnął największy sukces w swojej karierze MMA. Zwyciężył w turnieju PRIDE Openweight Grand Prix. Kolejno wyeliminował w nim Ikuhisę Minowę, Hidehiko Yoshidę, Wanderleia Silvę, a w finale Josha Barnetta (wszystkie walki zakończył przed czasem w pierwszej rundzie).
Ultimate Fighting Championship W grudniu 2006 roku podpisał dwuletni kontrakt na 6 walk z UFC. Pierwszą walkę w octagonie stoczył 3 lutego 2007 roku z Eddiem Sanchezem, wygrywając w pierwszej rundzie przez TKO (UFC 67). Jednak w drugiej uważany za zdecydowanego faworyta Filipović został znokautowany przez Brazylijczyka Gabriela Gonzagę. Kolejna porażka z Cheickiem Kongo sprawiła, że Chorwat odszedł z UFC.
DREAM 15 marca 2008 roku zadebiutował w DREAM, gdy pokonał byłego zawodnika Pancrase, Tatsuyę Mizuno przez TKO. W następnej walce zmierzył się z Alistairem Overeemem. Pojedynek został przerwany, gdy kilkukrotnie uderzony kolanem w krocze Filipović odmówił kontynuowania dalszej walki (ogłoszono no contest). Choć obaj rywale zapowiedzieli chęć powtórzenia walki, do rewanżu nie doszło.
Na sylwestrowej gali Dynamite!!