Jednak wciąż trwały prace wykończeniowe wewnątrz świątyni. Po śmierci pana Józefa Scholtza (w marcu 1939 roku) pracami budowlanymi kierowali jego synowie. Po zakończeniu II wojny światowej świątynia zajęta była przez intendenturę; nabożeństwa mogły być odprawiane dopiero od 1946 roku. Brakowało szyb, ale zachowały się wybudowane w czasie wojny ołtarz i ambona, zostały odnalezione krucyfiks i lichtarze, a naczynia komunijne świątynia otrzymała w darze z Ziem Odzyskanych. Wybrany został pierwszy powojenny zarząd świątyni: przewodniczącym został pan Karol Lange, natomiast członkami: pp. Ryszard Glaeser, Alfons Nyczke, Elza Glaeserowa; rozpoczęły się zbiórki pieniędzy na potrzebne remonty. Nabożeństwa początkowo odbywały się w salce przy świątyni z powodu braku szyb. Z dokonanych zbiórek w latach 1946-50 świątynia została wyremontowana i zostało wykonane ogrodzenie. Od 1951 roku nabożeństwa zostały przeniesione do świątyni. Zostało zainstalowane ogrzewanie. W 1965 roku został przeprowadzony gruntowny remont świątyni i dokonano jej rekonsekracji. Po remoncie, w ołtarzu została umieszczona kopia obrazu Hoffmana „Chrystus w Getsemane” pędzla Elizy von Everth. Obraz ten został przeniesiony z dawnego kantoratu w Pruszkowie. Świątynia otrzymała w darze organy.