Pod koniec maja 1942 roku Niemcy przeprowadzili akcję deportacyjną ludności żydowskiej. W nocy z 31 maja na 1 czerwca 1942 funkcjonariusze gminy żydowskiej w asyście policji żydowskiej przeprowadzili kontrolę tzw. kart rozpoznawczych, która stała się pretekstem do wywiezienia ok. 5 tysięcy ludzi do obozu zagłady w Bełżcu. 20 czerwca 1942 Niemcy zarządzili zmniejszenie obszaru getta.
28 października 1942 przeprowadzono drugą akcję deportacyjną w wyniku której wywieziono ok. 7 tys. osób, a wiele zamordowano na miejscu. W grudniu 1942 getto podzielono na dwie części: „A” przeznaczoną dla osób zdolnych do pracy oraz „B” dla bezrobotnych, osób starszych i chorych. Linia graniczna przechodziła wzdłuż placu Zgody.
W dniach 13–14 marca 1943 roku Niemcy przeprowadzili akcję likwidacyjną getta. Kierował nią SS-Sturmbannführer Willi Haase. 8 tysięcy Żydów uznanych za zdolnych do pracy zostało przetransportowanych do obozu Plaszow. Około 2 tysięcy zostało zamordowanych na miejscu. Wśród nich były odebrane rodzicom dzieci i chorzy ze szpitali. Ciała ofiar przetransportowano do obozu Plaszow i tam pogrzebano w masowych grobach.