W 1473 Karol Zuchwały przeniósł do miasta kilka podmiotów politycznych i Mechelen było siedzibą Sądu Najwyższego aż do wybuchu rewolucji francuskiej.
Dochodowy handel suknem był źródłem bogactwa i siły miasta podczas późnego średniowiecza i wtedy to miasto stało się stolicą Niderlandów (pierwsza połowa XVI wieku pod rządami Małgorzaty Austriaczki. Później miasto utraciło swoje wpływy na rzecz Brukseli. Od 1559 Mechelen było siedzibą archidiecezji. W 1572 roku podczas wojny osiemdziesięcioletniej Mechelen zostało spustoszone przez Hiszpanów. Miasto zostało odbudowane. W tym czasie rozpoczęła się tradycja wytwarzanie mebli. W 1781 Józef II rozkazał zniszczyć ufortyfikowane mury miasta.
W 1835 zostało połączone z Brukselą pierwszą w kontynentalnej Europie linią kolejową, która była zalążkiem belgijskiej kolei. Doprowadziło to do rozwoju przemysłu metalurgicznego.
Mechelen i okolice znane są z uprawy warzyw (takich jak kalafiory czy szparagi) oraz z koronek zwanych Malines.
Podział administracyjny W skład gminy wchodzi pięć dzielnic (): Heffen Hombeek Leest Muizen Walem