W 1834 roku został wykładowcą geologii (niem. Privatdozent) na Uniwersytecie w Zurychu i w latach 1834–1835 pełnił funkcję eksperta ds. szkód wodnych (niem. Wasserverheerungen) w Alpach. W 1852 roku objął stanowisko profesora geologii na Uniwersytecie Zuryskim, a w 1856 roku na zuryskiej Politechnice Federalnej. Był kustoszem kolekcji minerałów. Wykłady prowadził w semestrze zimowym, a w semestrze letnim poświęcał się badaniom w terenie. W 1842 roku m.in. razem z Édouardem Desorem (1811–1882) dokonał pierwszego wejścia na szczyt Lauteraarhorn (4042 m n.p.m.) w Alpach Berneńskich. W 1863 roku odbył wyprawę do Algierii i na Saharę.
W 1857 roku poślubił Marię Barbarę Ursulę von Latour (1807–1863), siostrę polityka Aloisa de Latour (1815–1875). Para pozostała bezdzietna. Escher von der Linth zmarł w Zurychu 12 lipca 1872 roku.
Działalność naukowa Escher von der Linth skupił się na badaniach wysokich gór wschodniej Szwajcarii. Razem z Bernhardem Studerem (1794–1887) prowadził pierwsze systematyczne badania geologiczne Alp na terenie Szwajcarii oraz obszarów Ostschweiz, Vorarlbergu, Tyrolu, Piemontu i Lombardii. We współpracy ze Studerem opracował pierwszą mapę geologiczną Szwajcarii.