Do Rzymu dotarł 7 listopada, przywitany bardzo uroczyście (Leon X znał i cenił Erazma od dawna). Wkrótce jego misja po raz kolejny zakończyła się fiaskiem. Karol V, który po śmierci Maksymiliana I (12 stycznia 1519) wstąpił na tron cesarski w Niemczech i bardzo skutecznie przeciwdziałał, wraz z niektórymi kardynałami, zabiegom Ciołka. Nie brakowało też intryg rodaków – np. Jana Łaskiego sprzeciwiającego się ambicjom Ciołka zabiegającego o tytuł kardynała. W rezultacie nie udało się uzyskać potwierdzenia pokoju toruńskiego, nie powiodły się też zabiegi o ugodę z Moskwą. Dodatkowa misja Ciołka do Neapolu (w kwietniu i maju 1519, potem ponownie w styczniu 1520) w sprawie finansów królowej Bony także nie powiodła się – księżna-matka Izabela nie wypłaciła jej posagu, a spadek po królowej neapolitańskiej Joannie także pozostał nieuregulowany. Podczas całego swego pobytu we Włoszech udało się jednak Ciołkowi uzyskać wiele korzyści dla siebie osobiście, jak dla Kościoła polskiego i królestwa. Usilnie starał się też o kapelusz kardynalski dla siebie, co spotykało się z coraz większym sprzeciwem ludzi mu nieprzychylnych, którzy słusznie zarzucali mu prywatę i wykorzystywanie królewskiej misji do gromadzenia majątku. Opór ten doprowadził do tego, że kilkakrotnie przez króla napominany, latem 1521 został z poselstwa odwołany.