System operacyjny (firmware) Amiga CDTV rozpowszechniana była z systemem operacyjnym Kickstart w wersji 1.3, dobrze znanym z Amigi 500. Obsługa wbudowanego CD-ROM była zapisana w osobnych kościach ROM (firmware), co przy wersji 1.0 powodowało pewne niedogodności przy uruchamianiu niektórych gier (np. The Settlers). Pewna część CDTV była wyposażona w "developer card" umożliwiający zaprogramowanie nowego firmware. Karta była dostępna wyłącznie dla projektantów Commodore oraz firm produkujących kioski informacyjne. Zmiana firmware umożliwia między innymi zainstalowanie nowszej wersji Kickstartu w postaci kości ROM (EPROM) lub przełącznika systemów (1.3/2.x lub 3.x). Ostatnia stabilna wersja firmware oznaczona jest numerem 2.9, wersje oznaczone jako 3.x są wersjami testowymi pracującymi zarówno z modelami o oznaczeniu CD-1000 jak i z nowszymi prototypami bazującymi na architekturze Amigi 600. Uszkodzenie firmware lub wyczyszczenie kości w karcie developerskiej objawiało się uruchomieniem ekranu powitalnego znanego z Amigi 500 lub nowszym.