W 1524 zerwał z Lutrem po czym propagował swoje poglądy między innymi w Turyngii, Alzacji i Szwajcarii. Pod wpływem Müntzera na przełomie 1524 i 1525 powstał pierwszy program powstańców chłopskich, zwany Artikelbrief. W kwietniu 1525 stanął na czele powstania chłopskiego w Turyngii. 15 maja dowodził powstańcami w bitwie pod Frankenhausen, która zakończyła się totalną klęską chłopów. Müntzerowi udało się uciec z pola bitwy na strych w mieście, gdzie został wykryty symulując chorobę psychiczną. Został poddany torturom, osądzony i uznany za heretyka, a następnie przetransportowany do Mühlhausen i ścięty mieczem. Ciężarna żona Müntzera została zgwałcona przez żołnierza wojsk saksońskich. Pozostawiono ją przy życiu, jej dalszy los oraz jej synów nie jest znany.
Upamiętnienie Na miejscu ostatniej bitwy Thomasa Müntzera koło Bad Frankenhausen/Kyffhäuser władze Niemieckiej Republiki Demokratycznej wzniosły w latach 1976–1987 muzeum w kształcie rotundy (Panorama Museum), mieszczące panoramę bitwy, namalowaną przez profesora Wernera Tübkego.