W sezonie 1935/36 jako trzeci poziom została wprowadzona Serie C, a liga została zdegradowana do czwartego poziomu. W sezonie 1937/38 zajął drugie miejsce w Prima Divisione Emiliana, tuż za AGC Budrio. Następnie odbyła się fuzja z mistrzem regionu, dzięki czemu klub otrzymał awans do Serie C, przyjmując nazwę SP Molinella. W 1939 awansował do Serie B, ale po zajęciu 15.miejsca w sezonie 1939/40 spadł z powrotem do Serie C. W 1942 zespół został zdegradowany do Prima Divisione Emiliana, a w 1943 roku na terenie Włoch rozpoczęto działania wojenne II wojny światowej, wskutek czego mistrzostwa 1943/44 zostały odwołane.
Po zakończeniu II wojny światowej, klub wznowił działalność w 1945 roku i został zakwalifikowany do Prima Divisione Emiliana. W 1947 klub z powodu problemów finansowych dobrowolnie spadł do Seconda Divisione Emiliana, ale po roku wrócił do Prima Divisione Emiliana. W 1952 roku w wyniku reorganizacji systemu lig został zakwalifikowany do Promozione Emilia-Romagna, po czym zmienił nazwę na Molinella Sezzione Calcio. W 1954 spadł na dwa lata do Prima Categoria Emilia-Romagna. W 1957 klub wrócił do nazwy SP Molinella, a liga zmieniła nazwę na Campionato Nazionale Dilettanti. W 1959 liga przyjęła nazwę Prima Categoria Emilia-Romagna. W 1964 został zdegradowany do Seconda Categoria Emilia-Romagna (D7).