Droga powrotna wiodła ich z Samarkandy do Buchary i Chiwy. Książka opisująca tę ekspedycję ukazała się pod tytułem De Moscou en Bactriane w Paryżu w 1884 r.
Wyprawa 1885–1886 Także druga wyprawa Bonvalota i Capus do Centralnej Azji finansowana była przez agencję rządową. Towarzyszył im malarz Albert Pépin, którego ilustracje ozdobiły pisemną relację Bonvalota z tej podróży Par Caucase et Pamir aux Indes. Wiosną 1885 r. przeprawili się z czarnomorskiego portu Batumi, przez Tyflis nad Morze Kaspijskie do Lenkoranu, skąd udali się do Teheranu i przez Merw do Samarkandy. Usiłowali iść stamtąd wprost na południe, ale po przeprawie przez Amu Darię zostali zatrzymani na kilka tygodni przez Afgańczyków i nie uzyskawszy ich zgody na dalszy marsz musieli wrócić do Samarkandy. Podczas grudniowego tam pobytu porad co do alternatywnych tras na południe udzielił im m.in. przebywający właśnie w Samarkandzie kpt. Bronisław Grąbczewski. W trakcie ciężkiej i niebezpiecznej zimowej przeprawy od Fergany ku granicy indyjskiej pokonali Góry Ałtajskie i Pamir, ale zalegający przełęcze i doliny śnieg nie pozwolił im na dotarcie z doliny Wachanu, jak planowali, do księstwa Hunzy (zwanego przez nich na modłę chińską Kandżutem). Musieli zawrócić, by w maju po przekroczeniu Hindukuszu dotrzeć wyczerpani i niemal bez środków do życia do Chitralu.