Mahler oficjalnie podał się do dymisji w maju 1907 r., po ostrym konflikcie z kierownictwem i muzykami Opery oraz kampanii prasowej skierowanej przeciwko niemu.

Dekada pracy Mahlera w Operze wiedeńskiej zaowocowała cyklem pieśni do tekstów z Des knaben Wunderhorn (dzieło zostało domknięte w 1899), Pięcioma pieśniami do słów Rückerta (1902), Kindertotenlieder (1904, także do słów Friedricha Rückerta). Symfoniami: IV (1900), V (1902), VI (1904) i VII (1905). Podczas pracy w Operze wiedeńskiej w latach 1897–1908 przygotował aż 32 premiery. Poza tym w lipcu 1906 rozpoczął pracę nad swoją najbardziej monumentalną kompozycją – VIII Symfonią (w 1907 dzieło było gotowe).

Jeśli chodzi o życie osobiste, w 1899 kupił ziemię pod budowę domu letniego w Maiernigg nad jeziorem Wörther i już rok później spędził tam pierwsze wakacje. W marcu 1901 ciężko chorował, co skończyło się dla niego operacją i pobytem w sanatorium. 9 marca 1902 w Wiedniu ożenił się z młodszą o 19 lat Almą Schindler;