W swoich najnowszych pracach Margolles skupiła się przede wszystkim na przemocy wobec kobiet zamieszkujących Amerykę Łacińską. Znajdujące się na północnej granicy Meksyku miasto Ciudad Juárez, znane jest z tego, że od ponad dwudziestu lat dokonywane są tam brutalne morderstwa na kobietach, podczas gdy ich mordercy są bezkarni. Te marginalizowane grupy są nieustannie narażone na przemoc, m.in. są systematycznie przesiedlane z centrum miasta, w których żyją. Artystka przez długi czas ściśle współpracowała z transseksualistkami z Ciudad Juárez, które często są ofiarami takich dyskryminacji i zabójstw z nienawiści. W serii zdjęć Pista de Baile z 2015 Margolles przedstawiła transpłciowe prostytutki stojące wśród ruin zniszczonych parkietów nocnych klubów. Jedna z tych kobiet, Karla, z którą Margolles chciała zorganizować grę w pokera z prostytutką ze Szwajcarii na Manifesta 11 (w 2016), została zamordowana pod koniec 2015 roku.
Laureatka holenderskiej nagrody Prince Claus Award oraz Artes Mundi przyznawanej w Walii. Obie otrzymała w 2012.
W 2009 jej prace były pokazywane w Pawilonie Meksykańskim na 53. Biennale Sztuki w Wenecji. W maju 2019 ponownie brała udział w 58. Biennale Sztuki w Wenecji.