Od XV wieku do rewolucji francuskiej W 1441 roku Księstwo Luksemburga, od którego Arlon było zależne, zostało częścią Niderlandów Burgundzkich za panowania Filipa Dobrego, hrabiego Burgundii. Po abdykacji Karola V na rzecz swojego syna Filipa II w roku 1556, dla całego regionu rozpoczęły się trudne czasy, czego przyczyną były ciągłe wojny pomiędzy Francją, Hiszpanią i Niderlandami Południowymi. W roku 1588 prawie połowa miasta wraz z zamkiem została zniszczona przez francuską armię Franciszka de Guise. W XVII wieku kapucyni wybudowali na ruinach zamku klasztor, a Francuzi wzmocnili mury obronne. Przypadkowy pożar zniszczył ponownie dużą część miasta w 1785 roku.
Od XVIII w. 9 czerwca 1793 roku armia rewolucjonistów walczyła z wojskami Austrii w pobliżu Arlon. Francuzi odnieśli zwycięstwo i zajęli miasto. Kapucyni zostali wygnani trzy lata później, a ich klasztor przekształcono w szpital. W roku 1839 Arlon wraz z walońską częścią Luksemburga przyłączono do Belgii.
Arlon było jedną z pierwszych ofiar niemieckiej inwazji w roku 1914 – 121 mieszkańców zostało straconych 26 sierpnia z rozkazu pułkownika Richarda Karla von Tessmara.