Podróżował do Paryża, Antibes i Fryburga. W ogrodzie botanicznym w Paryżu spędzał czas w laboratorium mykologa Philippe’a Édouarda Léona Van Tieghema. W 1900 r. z rekomendacji Kew Gardens został mianowany pierwszym botanikiem roślin kryptogamicznych przy rządzie Indii w Kalkucie. W 1902 został przeniesiony do Dehra Dun w ramach Cesarskiego Departamentu Rolnictwa. Podczas wizyty w Coorgu badał chorobę kłosów drzewa sandałowego. W 1905 został cesarskim mykologiem w Indiach. W 1906 r. opublikował monografię indyjskiej rdzy pszenicy, a w 1907 wyniki badań nad rodzajem Pythium. W 1918 r. napisał książkę „Grzyby i choroby roślin”, które stały się standardową pracą referencyjną dla patologów roślin tropikalnych. W latach 1910–1912 Butler pełnił ponadto funkcję dyrektora i dyrektora Wyższej Szkoły Rolniczej w Pusa. W 1921 r. doceniono jego zasługi dla Indii i odznaczono go Orderem Imperium Indyjskiego.