Czystość wód i ochrona środowiska Chlewo jest jeziorem oligotroficznym o skąpej roślinności szuwarowej. Najwięcej oczeretów i trzcinowisk występuje w północnej części. Zoobentos jest również ubogi, z dominacją skąposzczetów i rodzajów Chironomus i Chaoborus. W fitoplanktonie dominują zielenice, latem razem z sinicami i okrzemkami.
Badania z 1991 roku zaliczyły wody jeziora do II klasy czystości. Latem przezroczystość wód dochodziła do 4,5 m, przy średniej wartości w sezonie wegetacyjnym 3,8 m. W najgłębszych miejscach natlenienie wody przy dnie spadało do 0,2 mgO2/l, a płytszych do 8 mgO2/l (średnio 2,8 mgO2/l). Wiązało się to z niedużym BZT5 – 1,8 mgO2/l, ale chemiczne zapotrzebowanie tlenu wyniosło 52,8 mgO2/l, przekraczając ówczesne normy. Zawartość fosforu całkowitego (0,083 mg/l) i azotu całkowitego (1,09 mg/l) mieściła się w ówczesnych granicach drugiej klasy. Przewodność elektrolityczna właściwa była niska, wynosząc 55 μS/cm. Wynika ona z niskiej zawartości wapnia (maksymalnie 6,3 mg/l), magnezu (do 3,2 mg/l) i potasu (do 1,4 mg/l). Średnie stężenie chlorofilu a (7,3 mg/m3) potwierdzała niską produktywność. Również miano coli typu kałowego wskazywało na drugą klasę czystości. Uznano, że jezioro jest wrażliwe na zakwaszenie.