W latach 1943–1945 zespół brał udział w lokalnych mistrzostwach Sycylii.
Po zakończeniu II wojny światowej, klub wznowił działalność w 1945 roku i z nazwą SC Marsala został zakwalifikowany do Prima Divisione Sicilia. W 1946 awansował do Serie C. W 1948 roku w wyniku reorganizacji systemu lig zespół został zdegradowany do Promozione (D4), ale po roku wrócił do Serie C. W 1952 roku w wyniku reorganizacji systemu lig klub spadł do IV Serie, która w 1957 zmieniła nazwę na Campionato Interregionale - Prima Categoria. W 1958 klub wrócił do Serie C. W 1965 zespół spadł do Serie D. W 1968 awansował na rok do Serie C. W 1973 klub znów otrzymał promocję Serie C. W 1978 spadł do czwartej ligi. Przed rozpoczęciem sezonu 1978/79 Serie C została podzielona na dwie dywizje: Serie C1 i Serie C2, wskutek czego klub został przydzielony do Serie C2. W 1984 spadł do Campionato Interregionale, w 1985 do Promozione Sicilia, a w 1986 do Prima Categoria Sicilia. W 1985 klub przyjął nazwę SC Marsala 1912, a w 1987 wrócił do Promozione Sicilia. W 1988 do klubu dołączył Pro Marsala i uzyskał awans do Campionato Interregionale, które w 1992 zmieniło nazwę na Campionato Nazionale Dilettanti. W 1995 klub ponownie otrzymał promocję do Serie C2, a w 1998 roku do Serie C1.