Mrzeżyno jest położone u ujścia rzeki Regi, która stanowi oś hydrologiczną miejscowości. Tereny nadmorskie należą do zlewni przymorza Bałtyku. Przy południowo-zachodniej części Mrzeżyna znajduje się stacja pomp „Mrzeżyno III”, która reguluje poziom wód w Kanale Mrzeżyno III oraz jego polderze. Przy południowej części prawobrzeżnego Mrzeżyna znajduje się stare koryto Stara Rega, która łączy Regę i jezioro Resko Przymorskie. Jednak wschodnia część wód jest przepompowywana w stacji pomp „Rogowo” do jeziora, a zachodnie wody przez stację pomp „Mrzeżyno-2” do rzeki Regi. Pod Mrzeżynem do Starej Regi uchodzi także struga Zgniła Rega.
Przyroda Teren wokół miejscowości należy do Trzebiatowsko-Kołobrzeskiego Pasa Nadmorskiego, będącym specjalnym obszarem ochrony siedlisk programu Natura 2000Mapa nr 1 obszaru PLH320017 (Trzebiatowsko-Kołobrzeski Pas Nadmorski) Ministerstwo Środowiska RP. [dostęp 2009-05-30].. Znajduje się w nim także basen portowy, pas lasu nadmorskiego i lewobrzeżna część miejscowości. Na zachód i południe od Mrzeżyna rozciąga się obszar specjalnej ochrony ptaków „Wybrzeże Trzebiatowskie”Mapa nr 2 obszaru PLB320010 (Wybrzeże Trzebiatowskie) Ministerstwo Środowiska RP. [dostęp 2009-05-30]..
mały|Bylica polna w odmianie nadmorskiej