Podczas okupacji rozległy teren cmentarza był wykorzystywany przez polski ruch oporu jako poligon szkoleniowy, a w niektórych grobowcach przechowywano broń i amunicję.

W kwaterze 43-H urządzono cmentarz żołnierzy z różnych jednostek 1 Frontu Białoruskiego Armii Czerwonej poległych we wrześniu 1944 podczas walk o Pragę. Pośrodku kwatery wzniesiono pomnik wdzięczności od mieszkańców Pragi.

W 1952 dekretem kard. Stefana Wyszyńskiego utworzono nową parafię św. Wincentego a Paulo, 13 października 1957 poświęcono fundamenty. Na nich stanął kościół Matki Boskiej Częstochowskiej będący repliką kaplicy – mauzoleum hr. Przeździeckich stojącą od połowy XIX wieku na cmentarzu Świętokrzyskim. Autorem świątyni był Stanisław Marzyński. Patronką konsekrowanego w 1960 kościoła jest Matka Boża Częstochowska.

W 1965 roku nekropolia została wpisana do rejestru zabytków.

W 1967 zakończyła działalność restauracja „Krańcowa”, znajdująca się naprzeciwko głównej bramy nekropolii. Lokal, nazywany zwyczajowo Barem pod Trupkiem, był popularnym miejscem urządzania styp pogrzebowych, tzw. syrków. Budynek restauracji rozebrano wiosną 1968.