Dzięki temu systematycznie uzyskiwała blankiety zaświadczeń lekarskich, które wystawiała różnym osobom, chroniąc je w ten sposób przed obowiązkową pracą lub wywozem na roboty przymusowe do Rzeszy. Po otrzymaniu wiadomości od męża, osadzonego w obozie jenieckim w Moosburgu Rutkowska wraz z siostrą zaangażowała się w wysyłanie paczek do obozów. Gdy po pewnym czasie, z uwagi na pogarszający się stan zdrowia, mąż został z obozu zwolniony, postanowili razem wyjechać do Warszawy, gdyż na Pomorzu coraz trudniej było znaleźć kontakty z organizacjami konspiracyjnymi.
Do konspiracji została wprowadzona przez szwagierkę z Kłodawy Krystynę Rutkowską, pseud. „Magda Biała”. Przyjęła pseudonim „Urszula”. W ramach Wojskowej Służby Kobiet przeszła przeszkolenie wojskowe i zajmowała się kolportażem prasy podziemnej na Żoliborzu. Została także instruktorem PŻ. W 1942 została przeniesiona do Oddziału V Komendy Głównej Armii Krajowej, Wydziału Vk (łączność konspiracyjna), gdzie jej przełożoną została Janina Maria Sippko, pseud. „Berta”. Do zadań Rutkowskiej należało m.in. rozdzielanie poczty konspiracyjnej i rozprowadzanie jej z kancelarii sztabu Komendy Głównej AK do podległych placówek w kraju i za granicą.