19 grudnia 2006 roku ponownie objął Wisłę, gdzie 16 kwietnia 2007 odsunięto go od prowadzenia drużyny. thumb|left|Adam Nawałka, Dariusz Dziekanowski i prezydent Lech Kaczyński (2008) 28 maja 2007 został tymczasowo włączony do sztabu szkoleniowego reprezentacji Polski, gdzie zastąpił nieobecnego Dariusza Dziekanowskiego. Pomagał wówczas Leo Beenhakkerowi w przygotowaniach do meczów eliminacji Mistrzostw Europy z Azerbejdżanem i Armenią. W sierpniu 2007 podjęto decyzję, że Nawałka pozostanie w sztabie kadry do końca eliminacji. 21 września 2008 został trenerem GKS-u Katowice, gdzie pracował do 31 grudnia 2009. Wcześniej, 23 grudnia podpisał kontrakt z Górnikiem Zabrze, który to zespół objął ostatecznie 1 stycznia 2010. 1 czerwca 2010 awansował z tym klubem do Ekstraklasy.
26 października 2013 Nawałka został oficjalnie ogłoszony selekcjonerem reprezentacji Polski, którą to funkcję objął 1 listopada 2013. Wraz z objęciem nowej funkcji Nawałka przestał być trenerem Górnika Zabrze, mimo iż zapewniano, że zostanie on w Zabrzu do grudnia 2013. Ostatni mecz Nawałka w roli szkoleniowca Górnika rozegrał 28 października przeciwko Cracovii.