Około 1617 w pobliżu kaplicy zbudowano niewielki klasztor augustianów. Nabożeństwo do św. Rocha było ściśle związane z nabożeństwem do Matki Boskiej Bolesnej, więc na początku XVII wieku zmieniono wezwanie kościoła na to drugie. Kościół znany był też jako Santa Maria a Mare, z powodu położenia nad morzem lub La Pietà w języku włoskim. Teren wokół niego stał się znany jako tal-Pietà, a kiedy później powstało na tym obszarze miasto, zachowało nazwę Pietà.
Klasztor augustianów został zamknięty w grudniu 1652, po tym jak papież Innocenty X zarządził zamknięcie małych klasztorów, zaś wcześniej, 15 października, biskup Malty wyznaczył księdza diecezjalnego do opieki nad kościołem. W 1714 biskup Joaquín Canaves nadał kościołowi przywilej di libera collazione. Wkrótce kościół przeszedł pod jurysdykcję parafii św. Pawła Rozbitka w Valletcie, a w 1723, po tym jak populacja w Pietà urosła do kilkuset osób, biskup Gaspare Gori-Mancini nadał mu status wiceparafii. Status ten został utracony w 1740, a zamiast niego wiceparafią stał się kościół św. Publiusza we Florianie.