Kariera trenerska Jego wpływ na wzrost zainteresowania futbolem w Japonii cały czas wzrastał. Jego imieniem nazywano place i ulice, stawiano mu pomniki, nakręcono o nim film. Zico użyczył sylwetki do promocji azjatyckiej wersji gry na konsole Winning Eleven. W lipcu 2002 roku zastąpił Philippe’a Troussiera na stanowisku trenera selekcjonera piłkarskiej reprezentacji Japonii. Po niepewnych początkach i pojawiających się plotkach o jego odejściu, m.in. dziwnej propozycji z angielskiego amatorskiego klubu Garforth Town (który na miesiąc zatrudnił Sócratesa), aby wrócić na boisko, Zico pozostał przy pracy selekcjonera i wygrał lokalny Kirin Cup w 2004 roku. W 2004 wywalczył również tytuł mistrza Azji na Pucharze Azji po finale z Chinami, wygranym 3:1. W 2005 jego zespół nie wyszedł z grupy podczas Pucharu Konfederacji w Niemczech. Zico pomógł też Japończykom w awansie do Mistrzostw Świata 2006, na których przegrał pierwszy mecz z Australią 1:3. Trener złożył dymisję po zakończeniu turnieju w Niemczech.