Świadkowie zeznawali, że będąc kierownikiem Totenlagru Matthes skrupulatnie nadzorował proces gazowania setek tysięcy ofiar i usuwania ich zwłok. Okrutnie traktował także żydowskich więźniów pracujących w „górnym obozie”.
We wrześniu 1943 roku, w związku z rozpoczęciem likwidacji obozu, został przeniesiony do ośrodka zagłady w Sobiborze. Niedługo później obóz ten również został zlikwidowany. Matthes na krótko powrócił do Berlina, po czym – podobnie jak większość weteranów akcji „Reinhardt” – został przeniesiony na wybrzeże Adriatyku. Uczestniczył w walkach z partyzantką i budowie umocnień. W 1945 roku dostał się do amerykańskiej niewoli. Jeszcze w tym samym roku został zwolniony z obozu jenieckiego.
Po wojnie zamieszkał w Norymberdze, gdzie początkowo pracował jako posługacz w szpitalu i robotnik przy odgruzowywaniu miasta. Z czasem powrócił do zawodu pielęgniarza. Pracował w szpitalach psychiatrycznych w Ansbach, Bayreuth i Andernach.