Ślad kamieni (1966), z Krystyną Stypułkowską w roli głównej, został zaledwie trzy dni po premierze zakazany przez władze, gdyż zbyt realistycznie ukazywał warunki życia i pracy w Niemczech Wschodnich. Film uznano za "wrogi wobec partii i państwa", skierowano go na półkę na 20 lat, reżysera usunięto z Socjalistycznej Partii Jedności Niemiec i objęto zakazem pracy dla jedynej w kraju wytwórni filmowej DEFA.

Wobec tych represji, Beyer musiał skupić się na pracy dla telewizji oraz dla państwowego teatru w Dreźnie. Kolejny film fabularny nakręcił dopiero po dziewięciu latach. Jakub kłamca (1975), poruszający tematykę Holocaustu, był jedynym filmem z NRD nominowanym do Oscara dla najlepszego filmu nieanglojęzycznego. Obraz osadzony był w realiach warszawskiego getta i oparty na powieści Jurka Beckera. Opowiadał on historię tytułowego Jakuba, dodającego otuchy przebywającym w getcie Żydom poprzez rozpowszechnianie wśród nich pogłosek o zbliżających się wyzwolicielach. Główną rolę Vlastimila Brodský'ego nagrodzono Srebrnym Niedźwiedziem dla najlepszego aktora na 25. MFF w Berlinie.