Po zajęciu we wrześniu 1939 roku wschodnich terenów Polski przez ZSRR, uczył rysunku w powstałej w Dziśnie szkole białoruskiej.
Wiosną 1941 roku został aresztowany przez władze ZSRR i, wraz z innymi przedstawicielami miejscowej inteligencji polskiej, deportowany do Tobolska za Uralem. Tam zmarł w 1942 roku. Według relacji ocalałych, jego zamarznięte ciało znaleziono na ulicy. Tablica upamiętniająca Mariana Szczyrbułę jest umieszczona na grobowcu rodzinnym Szczyrbułów na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Twórczość Przed wojną najwięcej wystawiał z krakowską grupą „Zwornik” w Krakowie i Lwowie, a do 1939 roku wysyłał swoje obrazy na doroczne wystawy Instytutu Propagandy Sztuki w Warszawie. Prezentował na nich obrazy, których tematem były pejzaże i architektura okolic Stryja, Borysławia, Drohobycza oraz Wileńszczyzny. Większość obrazów z okresu dziśnieńskiego najprawdopodobniej spaliła się w 1944 roku. Malował również portrety i autoportrety. Budował swoje obrazy z plam barwnych rzucanych na płótno to silniejszymi, to słabszymi, różnokierunkowymi uderzeniami pędzla.