Trzecia epidemia rozpoczęła się we wrześniu 1655 w domu przy Porta Maggiore (dziś Brama Wiktorii) w pobliżu miejsca kotwiczenia statków przychodzących z Lewantu. Podobno właściciel domu miał kontakt z członkiem załogi zakażonego statku i przeniósł chorobę na mieszkającą w Żejtun siostrę. Kiedy choroba rozprzestrzeniła się na innych członków rodziny, władze natychmiast zarządziły kwarantannę, izolując w lazzaretto osoby mające z nią kontakt. Epidemia została szybko opanowana; zanotowano około stu pacjentów, z których 52 przeżyło dzięki skutecznej opiece medycznej. Oszacowano pięćdziesiąt ofiar.
Epidemia w latach 1675–1676
Ta czwarta epidemia nieznanego pochodzenia była najbardziej śmiercionośną ze znanych na Malcie. Zabiła około 11 300 osób, tj. około jednej czwartej ówczesnej populacji Malty, z jeszcze większą liczbą ofiar na obszarze Grand Harbour, z których wiele stanowili rycerze Zakonu. Bardzo przydatną okazała się pomoc francuskich lekarzy i chirurgów z Marsylii.
Epidemia w latach 1813–1814