thumb|Ekosystem leśny thumb|Agroekosystem Ekosystem (gr. oikos – dom, mieszkanie, gospodarstwo; gr. systēmatikós – zestawiony od sýstēma – zestawienie, połączenie od synistánai – zestawiać) – dynamiczny układ ekologiczny, na który składa się zespół organizmów (biocenoza) połączonych relacjami troficznymi (tworzących sieć troficzną) wraz ze środowiskiem przezeń zajmowanym, czyli biotopem, w którym zachodzi przepływ energii i obieg materii. W skrócie zatem ekosystem to biocenoza wraz z biotopem. Ekosystemy wyodrębniane są na podstawie istnienia silniejszych powiązań w ich obrębie niżeli między ich składowymi a otoczeniem (biologicznie ważne pierwiastki chemiczne krążą intensywniej w obrębie poszczególnych ekosystemów niż pomiędzy nimi).
Problemy terminologiczne "Ekosystem" to jedno z podstawowych pojęć w ekologii, ale podobnie jak sama „ekologia”, jest on terminem wieloznacznym. Określenie „ekosystem” stosowane bywa w odniesieniu do dowolnego układu składającego się z elementów żywych lub żywych i nieożywionych, pozostających ze sobą w rozmaitych relacjach. Przy tak szerokim ujęciu ekosystemem można nazwać dowolny układ ekologiczny z organizmami żywymi, od kolonii bakterii na pożywce poczynając, na całej biosferze kończąc.